分辨能力是電子顯微鏡的重要指標(biāo)，電子顯微鏡的分辨能力以它所能分辨的相鄰兩點(diǎn)的*小間距來(lái)表示，即稱為該儀器的*高點(diǎn)分辨率：d=δ。顯然，分辨率越高，即d的數(shù)值（為長(zhǎng)度單位）愈小，則儀器所能分清被觀察物體的細(xì)節(jié)也就愈多愈豐富，也就是說(shuō)這臺(tái)儀器的分辨能力或分辨本領(lǐng)越強(qiáng)。

　　分辨率與透過(guò)樣品的電子束入射錐角和波長(zhǎng)有關(guān)?？梢?jiàn)光的波長(zhǎng)約為300～700納米，而電子束的波長(zhǎng)與加速電壓有關(guān)。依據(jù)波粒二象性原理，高速的電子的波長(zhǎng)比可見(jiàn)光的波長(zhǎng)短，而顯微鏡的分辨率受其使用的波長(zhǎng)的限制，因此電子顯微鏡的分辨率（0.2納米）遠(yuǎn)高于光學(xué)顯微鏡的分辨率（200納米）。當(dāng)加速電壓為50～100千伏時(shí)，電子束波長(zhǎng)約為0.0053～0.0037納米。由于電子束的波長(zhǎng)遠(yuǎn)遠(yuǎn)小于可見(jiàn)光的波長(zhǎng)，所以即使電子束的錐角僅為光學(xué)顯微鏡的1%，電子顯微鏡的分辨本領(lǐng)仍遠(yuǎn)遠(yuǎn)優(yōu)于光學(xué)顯微鏡。光學(xué)顯微鏡的*大放大倍率約為2000倍，而現(xiàn)代電子顯微鏡*大放大倍率超過(guò)300萬(wàn)倍，所以通過(guò)電子顯微鏡就能直接觀察到某些重金屬的原子和晶體中排列整齊的原子點(diǎn)陣。

　　1960年代透射電子顯微鏡的加速電壓越來(lái)越高來(lái)透視越來(lái)越厚的物質(zhì)。這個(gè)時(shí)期電子顯微鏡達(dá)到了可以分辨原子的能力。

　　1980年代人們能夠使用掃描電子顯微鏡觀察濕樣本。

　　1990年代中電腦越來(lái)越多地用來(lái)分析電子顯微鏡的圖像，同時(shí)使用電腦也可以控制越來(lái)越復(fù)雜的透鏡 系統(tǒng)，同時(shí)電子顯微鏡的操作越來(lái)越簡(jiǎn)單。